學科建設涵蓋農業工程和機械工程兩大領域，具有機械設計及理論、農業電氣化與自動化、農業生物環境與能源工程、農業機械化工程、農業水土工程、生物機電工程6個博士學位點以及生态學碩士學位點，設有農業工程、機械工程博士後流動站。農業機械設計與制造學科1981年首批獲博士點，1987年被評為機械部重點學科，1994年被評為江蘇省重點學科，2003年獲得農業工程一級學科博士點。農業工程學科是由農業工程學院、電氣信息工程學院、食品與生物工程學院、流體中心和汽車與交通工程學院等共建。農業電氣化與自動化學科2001年和2006年連續被評為江蘇省重點學科,2007年被評為國家重點學科。農業生物環境與能源工程學科2006年被評為江蘇省重點學科。農業工程一級學科2008年被評為江蘇省一級學科重點學科，2009年被評為江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點,2011年被評為江蘇省優勢學科，在二期建設中獲批優秀；農業工程學科已經獲批兩個國家一流專業。